Die Auswahl der Preisträger*innen erfolgt durch ständige Kommissionen am Institut für Chemie und Biochemie sowie am Fachbereich Physik an der Freien Universität Berlin, ergänzt um Professor*innen anderer Hochschulen, wobei Vorschläge von Fachkolleg*innen im In- und Ausland sowie wissenschaftliche Gutachten internationaler Spitzenforscher*innen in die Entscheidungsfindung einbezogen werden. Eigenbewerbungen werden nicht berücksichtigt.

Das Vermächtnis des ursprünglichen Stifters Otto Klung schreibt eine Vergabe an deutsche Wissenschaftler*innen vor, die zur Zeit der Preisverleihung das 40. Lebensjahr noch nicht überschritten haben sollten.

Die Entscheidung über den Auswahlvorschlag treffen die Otto-Klung-Stiftung und die
Dr. Wilhelmy-Stiftung.

Kommission für Chemie:	Kommission für Physik:
Prof. Dr. Eckart Rühl, FU Berlin (Vorsitz)	Prof. Dr. Piet Brouwer, FU Berlin (Vorsitz)
Prof. Dr. Mathias Christmann, FU Berlin	Prof. Dr. Robert Bittl, FU Berlin
Prof. Dr. Matthias Drieß, TU Berlin (Preisträger 2000)	Prof. Dr. Andreas Buchleitner, Albrecht-Ludwigs-Universität Freiburg
Prof. Dr. Rainer Haag, FU Berlin	Prof. Dr. Dr. h.c. Wolfgang Eberhardt, Helmholtz-Zentrum Berlin
Prof. Dr. Sebastian Hasenstab-Riedel, FU Berlin	Prof. Dr. Katharina J. Franke, FU Berlin
Prof. Dr. Stefan Hecht, PhD DWI Aachen (Preisträger 2010)	Prof. Dr. Ingolf Hertel, Max-Born-Institut Berlin
Prof. Dr. Petra Knaus, FU Berlin	Prof. Dr. Roland Netz, FU Berlin
Prof. Dr. Beate Paulus, FU Berlin	Prof. Dr. Hermann Nicolai, MPI für Gravitationsphysik (Preisträger 1991)
Prof. Dr. Hans-Ulrich Reißig, (Ehrenmitglied) FU Berlin	Prof. Dr. Felix von Oppen, FU Berlin
	Prof. Dr. Martin Wolf, Fritz-Haber-Institut der MPG
	Prof. Dr. Karl-Heinz Bennemann, (Ehrenmitglied) FU Berlin
	Prof. Dr. Dr. h.c. Günter Kaindl, (Ehrenmitglied) FU Berlin